Het Team Innovatie werkt nauw samen met verschillende teams en afdelingen binnen het dr. Leo Kannerhuis. Daarnaast streeft team innovatie naar samenwerking met kennisinstituten. Momenteel is er een samenwerking met de faculteit Industrial Design van de TU Eindhoven, TU Twente en de afdeling kunstmatige intelligentie (Centre for Cognition, het voormalige NICI) van de universiteit Nijmegen.
Ook wordt samenwerking gezocht met organisaties en bedrijven die toepassing van technologie en ICT in de zorg mogelijk maken. Zo wordt voor de ontwikkeling van de digitale coach op de ipod samengewerkt met Re-Phrase, een ICT bedrijf, en is er samenwerking met De Waag, society binnen de Support in the job projecten.
De Nederlandse Vereniging voor E-health is een belangrijke speler binnen alle e-health ontwikkelingen landelijk. Ook de relatie met Health Valley Nijmegen is in dit kader van betekenis.
Het team zoekt nadrukkelijk samenwerking met andere nationale en europese organisaties binnen de innovatietrajecten. Samenwerking en relaties zijn er in Europees verband met De Ploeg en NAS prospect, respectievelijk een Belgische en een Engelse organisatie voor arbeidstoeleiding voor mensen met Autisme. Het Kairo en Avanti project zijn resultanten van de samenwerking met de Ploeg. Andere contacten zijn Synapsis, een poolse organisatie voor mensen met autisme; zij waren naast de ploeg ook partner in het Kairo-project.
Op nationaal niveau is de relatie met de NVA van belang, als organisatie die opkomt voor de belangen van de cliënt. Daarnaast betrekt het team de cliënten zelf, door middel van klankbordbijeenkomsten, onder andere tijdens de beginfase waarin initiatieven vormgegeven worden en tijdens de ontwikkelingfase van de projecten.
