Onderwijs en school worden door het Dr. Leo Kannerhuis naast het gezin, gezien als een belangrijk milieu. Een milieu waarin afstemming op de mogelijkheden en beperkingen van de autisme-spectrumstoornis (ASS) noodzakelijk is. Onderwijs vormt dan ook een integraal onderdeel binnen de behandeling van het Dr. Leo Kannerhuis. Belangrijk doel is het wegnemen van belemmeringen waardoor de leerling met ASS een beter toekomstperspectief heeft. In de behandeling wordt met alle vormen van onderwijs samengewerkt, zoals cluster 2 en cluster 4 scholen. Maar ook cliënten die normaal onderwijs kunnen volgen en een rugzakje hebben, worden ondersteund.
Het Dr. Leo Kannerhuis heeft een eigen Centrum voor Training & Scholing (De Wissel). In de Wissel wordt in samenwerking met De Brouwerij (scholengemeenschap voor SO en VSO) onderwijs geboden voor kinderen en jongeren die deelklinisch of klinisch worden behandeld. Daarnaast zijn er modules die in samenwerking met andere onderwijsinstellingen worden vormgegeven. Het behandelaanbod van het
Dr. Leo Kannerhuis is hierbij aanvullend op het onderwijstraject. Zo is er een samenwerkingsverband met de Kristallis Scholengroep (VSO) in Nijmegen, met het
Rijn IJssel College in Arnhem (MBO) en het AOC-Oost in Doetinchem (MBO). Doel is leerlingen met ASS extra te ondersteunen op diverse levensgebieden. Het volgen van het opleidingstraject binnen het VSO- of MBO-onderwijs wordt zo haalbaar en de leerling kan zich optimaal ontwikkelen.
Het Dr. Leo Kannerhuis heeft samen met een aantal partners uit de Geestelijke Gezondheidszorg en het Onderwijs de KAIRO-methodiek ontwikkeld. Doel van KAIRO is leerlingen binnen het MBO te ondersteunen zodat uitval wordt voorkomen en de kans op een baan wordt vergroot. Onderwijs en behandeling zijn binnen KAIRO volledig op elkaar afgestemd. Naast trainingen voor leerlingen, zijn er modules voor ouders en voor leerkrachten. De Kairo-methodiek is beschikbaar via: http://www.projectkairo.org/
Het Dr. Leo Kannerhuis ondersteunt niet alleen de leerling maar ook het onderwijssysteem er omheen. Zo zijn er mogelijkheden van deskundigheidsbevordering en voorlichting voor onderwijsinstellingen tot het participeren in trajecten van individuele leerlingen.

